의원실에 따르면 양창호는 '종북척결범국민운동연합'이란 극우단체에 가입해 활동한 전력이 있다는 의혹을 받고 있다. 양 원장은 해당 단체 페이스북 페이지에 '좋아요'를 눌렀는데, 그 시기가 양 원장이 국책연구기관장으로 취임(2016년8월) 이후였을 것으로 의심되는 정황이다.

한국해양수산개발원 정권에 따르면 '상근임원을 포함한 개발원은 정치활동을 목적으로 하는 단체의 구성원이 돼서는 아니 되며, 특히 그 사업을 수행할 때에 정치적 중립을 지켜야한다.

유 의원은 "개인은 누구나 정치적 소신을 가질 수 있지만, 이는 '자연인'일 때 가능하다"며 "국가가 출연하는 연구소 원장으로 근무하면서 관련 행동을 하거나 혹은 개인적인 정치적 견해를 표명하는 것은 부적절하다"고 지적했다.

일각에서는 정치 중립을 지키지 못하고 코드에 맞지 않는다면 사퇴를 해야 하지 않냐는 말도 나오고 있다. 이번 국정감사로 드러나기는 했지만, 아직도 공무원 사회 전반에는 현 정부의 개혁과는 맞지 않는 인사들이 포진하고 있어 앞으로 어떻게 박근혜 정부의 적폐가 근절되는지가 과제가 되고 있다.